Ответ положительный. Щитовидная железа основной орган отвечающий за выработку гормоно, а том числе и гормонов регулирующих менструальный цикл
Обнаружение кисты ни о чем не говорит. Нужны анализы на гормоны ЩЖ и гипофиза. Эндокринолог подскажет какие.